Идем прямо, не забывая кидать вперед болты, дабы не угодить в аномалию. Забираемся на вышку. Снова выброс. Напарник погибает – вы снова выживаете. Говорим с Лебедевым. Он расскажет вам, что, вероятнее всего, причина частых выбросов – проникновение постороннего в цент Зоны. На вас же возложена миссия предотвратить надвигающуюся катастрофу, т.к. только у вас имеется частичный иммунитет к выбросам, хоть они и уничтожают вашу нервную систему. Отправляем к праотцам бандитов, держащих осаду лагеря. Забираем у торговца флещ-карту с информацией о схроне. Идем к болотному охотнику.

Здесь вам нужно укрепить позиции Чистого Неба. После этого уничтожаем бандитов на ферме. Очищаем дороги на Агропром и кордон. Находим проводника и направляемся на кардон.

Прохождение Сталкер: Чистое небо

Уничтожаем военных (на свой страх и риск) или просто быстро убегаем от них. Направляемся к торговцу Сидоровичу. Он расскажет вам о знакомом сталкере и даст вам задание отыскать кейс. Приступаем. Говорим с Валерианом, что за насыпью. Говорим с заложником, пытаясь выведать, где спрятан кейс. Тот отмалчивается, будучи уверен, что его не станут убивать. Говорим с здешним лидером, тот предлагает уничтожить союзников военных. Так и делаем. После возвращаемся к заложнику. Он раскалывается, но просит вам дать ему пистолет. Соглашаться или нет – решать вам. Идем к тайнику, что в корзинке под мостом. Относим кейс торговцу.
Идем к диггерам. Они дают вам информацию о Клыке. Отправляемся по месту назначения, там находим труп и КПК. Узнаем, что диггер отправил помощника к Клыку. Находим помощника, помогаем ему отбиться от стаи собак. Узнаем, что Клык направился в Темную долину. Значит, и нам туда же. Натыкаемся на блокпост группировки Свобода. Следуем их указаниям. Отправляемся на их базу. Чтобы встретиться со здешним командиром, нужно поработать, что мы и выполняем. Уничтожаем мутанта, затем берем патроны у Ашота и относим их на форпост. Оказывается, тут все убиты. Находим КПК, относим его Чехову.

Комендант оказывается предателем и исчезает. Чехов за информацию сообщает вам частоту КПК Клыка, по которой его можно вычислить. Сейчас Клык на свалке. Но перед походом туда, советую выложить из карманов все ценное, деньги тоже потратить, ибо на свалке вас обчистят бандиты. После этого эпизода находим КПК Клыка, который тот потерял. С вами свяжется Лебедев и даст задание отыскать тайник Клыка. Забираем свое оружие и направляемся на поиски.
Люк в подземелье закрыт, поэтому направляемся к Агропрому, где встречаем группировку Долг. Идем на из базу. За открытие люка он требует помощь – нужно затопить нору. Идем к сержанту Наливайко.

Спускаемся в подземелье, потом направо к лестнице, ведущей наверх. Убиваем мутанта. Чтобы его уничтожить, нужно подкрасться к нему поближе. Лучше не ходите по мосту. Идем в следующую комнату, крутим вентиль, тем самым затапливаем подземелье. А теперь делаем ноги! На мутантов внимание можете не обращать, просто бегите.
Теперь нужно найти тайник. Внимание, в подземелье много бандитов. В тайнике получаем сведения о том, что Стрелок уже совершал путешествие к центру зоны и теперь планирует повторить свой успех. Выбираемся на поверхность, направляемся на Янтарь и говорим здесь с Сахаровым.

Тот сообщает, что наказал Стрелку провести тест устройства защиты от пси-излучения, но тот бесследно исчез. Добываем документы у сталкеров, которые также пропали. Здесь очень много тварей, поэтому просто бегите к трупам и забирайте КПК.

Прохождение игры Сталкер: Чистое небо

Встречаемся с командой Левши. Помогите им перезагрузить установку охлаждения. После этого Сахаров сможет запеленговать сигнал Стрелка. Тот находится в Рыжем Лесу.
Направляемся туда. По пути встречаем засаду. Пока мы разбираемся с бандитами, Стрелок успеет взорвать туннель и исчезнуть. Находим лесника, для этого нужно отыскать в лесу труп с его координатами. Направляемся по указанным координатам. Видим вход в аномалию над танком, залазим в нее.
Упираемся в забор. Он под напряжением. Вырубаем генератор и пробираемся в госпиталь. Тут начнется бойня. Четко следуйте указаниям лидера. После нагрянут военные. Сбиваем их вертолет, используя пулемет РП-74. После уходим через двери на втором этаже. С песнями и танцами направляемся через к катакомбы к ЧАЭС.

 
Последний уровень игры

В последнем уровне игры Stalker: Clear sky (Сталкер: Чистое небо) Лебедев даст вам два новых типа оружия. Одним вы сможете деактивировать пси-защиту Стрелка, другой служит для защиты. Используйте порталы, пока Лебедев вас не остановит.

Когда вы победите Стрелка, произойдет непредсказуемое – самый сильный из когда-либо наблюдавшихся выбросов. Это изменит все. В финальном ролике вы увидите старого знакомого – Меченого.